Добрый день.
Подскажите пожалуйста. Можно ли изменить каркас шаблона без изменений в index.php
Я имею ввиду прям в программе при создании шаблона?

Как то не понятно... Макет вы имели ввиду? Не понятно, что значит без изменений index.php он однозначно поменяется.